Bin mir nicht sicher ob das so richtig ist, aber ich würde die Animation erstmal mit Animation Shop öffnen und die jeweiligen Einzelbilder von da aus abspeichern.
Und dann jeweils mit PSP den Hintergrund transparent machen.
Hier gibt's dazu ein Schritt für Schritt - Tutorial.
Und dann die Einzelbilder wieder im Animation Shop zusammenfügen...
Aber vielleicht geht das noch viiiel einfacher