Die einzige Erklärung ist hier eventuell die Benutzerkontensteuerung. Insofern du entgegen den hier verbreiteten Rat Anno unter Windows7 oder Vista NICHT unter Programme(x86) zu installieren gearbeitet hast, dann kann es sein, dass bei eingeschalteter Benutzerkontensteuerung deine Savegames im App Data Bereich landen und bei ausgeschalteter Benutzerkontensteuerung im "normalen" Ordner.
Anno 1503 und Vista, Windows 7 Erfahrungsberichte
Um es kurz zu fassen, ich habe
keinerlei Veränderungen am Spiel vorgenommen, auch nicht in Sachen "als Admin ausführen", sondern habe es schlicht und ergreifend unter einen eigenen Pfad installiert und denjenigen den Anno vorgeschlagen hatte ignoriert.
Anno sollte komplett deinstalliert werden, die "Reste" aus dem App Data Bereich sollten auch weg, siehe verlinkter Thread. Den Ordner SaveGame, aber bitte vorher sichern.
Danach unter eigenem Pfad neu installieren.